使用volume-defined ROI提取surface数据(比如, Cortial thickness)
来源：Freesurfer官方教程
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/VolumeRoiCorticalThickness
思路：把ROI转到surface空间
注意：tkmedit和tksurf似乎已经不支持64位，可以改用Freeview，命令不一样但不复杂。
材料：
1）一个Volume中定义的binary mask，把这个文件称为ROI5.nii。
2）个体（或者组平均）的T1 volume，需要和ROI在同一坐标空间。把这个文件称为TT_avg152T1.ni。
3) Freesurfer处理好的受试者（或一组受试者）的freesurfer数据。也就是说，recon-all -s <subj> -all已经运行完成，已有表面和皮质厚度数据。把这个被试称之为subjid。
流程：
1）画图确认下ROI5.nii中的ROI是不是在你想要的地方，这一步很多软件都可以轻易完成。
2）将ROI配准到freesurfer的模板上，推荐fsaverage。可以使用自动配准如fslregister或spmregister，或者手动配准如tkregister。其中Freesurfer提供的fslregister和spmregister分别使用的是FSL的flirt和SPM的spm_coreg，命令是一样的，这里使用了fslregister。
结果会生成一个TT_avg152T1_to_fssaverage.dat，它代表了从TT_avg152T1到fsaverage的变换矩阵。
临时使用一下上面得到的变换矩阵，做个图看看是不是经过变换的ROI是不是想要的位置。
3）使用变换矩阵，将ROI变换到surface空间。
同样可以做个图看看变换的结果lh.fsaverage.ROI5.mgh是不是在想要的位置。
4）将个体空间的数据配到fsaverage标准空间中得到lh.thickness.fsaverage.mgh
5）从lh.thickness.fsaverage.mgh中提取lh.fsaverage.ROI的数据。
结果保存在txt中，1为ROI的皮层厚度2.3747。
使用surface-defined ROI/atlas提取Volume数据
思路：把某个ROI转到Volume空间。
来源：Andy的blog
https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_11_ROIAnalysis.html
首先，用FreeSurfer的tkregister2命令创建一个名为register.dat的变换矩阵register.dat。其中beta_0001.nii是被试的Volume空间。
之后用mri_label2vol将其转到volume空间中，这里用到了之前得到的变换矩阵。
后续就是使用mask提取数据的常规操作了。
使用surface-defined atlas提取Volume数据
思路：将atlas转到volume空间。
来源：Freesurfer官网
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/CoordinateSystems
将DK模板转到MNI152空间，这里使用了Freesurfer自带的mni152的变换矩阵，因此不需要做配准。如果需要提取的数据在其他的空间，参见上面的tkregister2或者其他方式做配准获取相应的变换矩阵。
有个这个mask文件后，提取数据也是常规操作了。需要注意的是label的信息在Freesurfer中的FreeSurferColorLUT.txt文件中（如下图），这里mask的2026对应rh-rostralanteriorcingulate。
另外，mtrix中将Freesurfer默认的index和label做了调整，更直观。不熟悉mtrix用FS默认的即可。
https://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/quantitative_structural_connectivity/labelconvert_tutorial.html
在FS的email list中有这样一个类似的问题，大概就是先找到皮层厚度差异的两个ROI，还想看一下这两个ROI的resting-state数据，怎么转到volume的空间。
得到的答复是这样的
直接把aparc+aseg.nii map到mni152_T1上
看起来是没问题的
除了把ROI变换到数据空间，然后提取数据。是否可以把数据变换到ROI所在空间，进行提取呢？尝试了一下将MIN152空间的group level的数据变换到fsaverage空间，用的命令同样是mri_vol2surf。过程中如果出现voxel size的warnning可用3dresample可以解决。
不过效果一般，至少直接在group level上做是不好的。理想的做法是先在个体上做变换，然后得到在surface上操作得到group level的结果，应该就能得到比较好的coverage。
因此最后还是采用将DK模板转到volume空间的做法，之后根据index提取数据，需要注意voxel size和reslice的问题。
变换后的DK模板map到mni152_T1
由于做了resample所以分辨率在mni152上看有所下降
变换后的DK模板map到某个结果上
end
