构建Slab模型，一条命令即可

开源视界 2020-04-13

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Slab模型作为研究微观表面结构的最为经典的模型，是第一性原理模拟中常用的模拟手段之一。

通常大家都使用的MS、Avogadro、VESTA等图形程序来构建表面Slab模型。今天小编将为您介绍如何使用structflow工具仅用一条命令就构建出一个Slab模型。

为了完成今天的任务，你需要在电脑上安装Pymatflow
工具，使用以下命令即可:

~$ pip install pymatflow

老规矩，上盐。对今天我们的主人公仍然是大家日常生活必不可少的NaCl。下图是其晶体结构:

我们将在c轴方向添加10Angstrom厚的真空层。实现方法非常简单，通过下面一条命令即可完成:

~$ sflow vacuum -i nacl.cif -o nacl-c-10.cif --plane 1 --thick 10

得到结果如下图所示:

其中参数-i
与-o
分别用于指定输入结构与输出结构。参数--plane
用于指定需要添加真空层的表面，目前支持的选项有三个，分别是1代表ab平面、2代表ac平面，3代表bc平面。参数--thick
用于指定真空层厚度。

Pymatflow
是一个用于第一性原理模拟的工作流自动化管理软件，目前支持的计算程序有VASP、Qutum ESPRESSO、Abinit、SIESTA、CP2K。
项目文档地址:
http://pymatflow.readthedocs.org/
中文手册:
https://pymatflow.readthedocs.io/en/latest/manual_cn.html
此公众号为Pymatflow
开发者所运营，欢迎关注以获取更多关于Pymatflow
和第一性原理计算的精彩内容。

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