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SIESTA教程之结构优化(Pymatflow篇)

开源视界 2020-04-12
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本系列SIESTA教程将在计算设置讲解的基础上添加结合Pymatflow
工具简化计算流程的内容。话不多说,本文将为您带来SIESTA系列教程中的体系结构优化部分。


SIESTA使用的是严格局域化的原子轨道基组。这个特点使得其具有非常高的计算效率,常用语高效的电子结构计算与第一性原理分子动力学模拟。
另一方面,SIESTA还具有灵活调节计算效率与精度的能力。你可以先快速对问题进行探索,然后提高精度进行进一步的研究。
作为系列教程,下面我们将以NaCl晶体的结构优化为例,展示如何使用matflow
命令来使用SIESTA进行体系结构的优化。


为了完成利用SIESTA
来优化离子位置,只需使用matflow
一条命令即可:
~$ matflow siesta -r 1  --kpoints-mp 3 3 3 0 0 0 -d nacl-opt --cif nacl.cif --meshcutoff 300
上述命令会在当前路径创建nacl-opt
目录,然后在其下自动生成输入文件并进行作业任务的提交。默认使用PBS作业调度器。
你也可以通过--server
指定其它服务器类型,比如吕梁天河二号超算系统请使用--server llhpc
参数。如果你只是想在本地单节点运行,请使用以下参数组合: --runopt genrun
--auto 0
简单后处理:
~$ postflow siesta -r 1 -d nacl-opt
每个离子步的总能量


每个离子步的scf迭代步数


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Pymatflow
是一个用于第一性原理模拟的工作流自动化管理软件,目前支持的计算程序有VASP、Qutum ESPRESSO、Abinit、SIESTA、CP2K。
项目文档地址:
http://pymatflow.readthedocs.org/
中文手册:
https://pymatflow.readthedocs.io/en/latest/manual_cn.html
此公众号为Pymatflow
开发者所运营,欢迎关注以获取更多关于Pymatflow
和第一性原理计算的精彩内容。


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