一行命令构建Supercell，你值得拥有

开源视界 2020-04-11

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许多基本问题，比如模拟掺杂、研究复杂表面等都不能简单地在原胞的基础上进行。这个时候我们需要对体系进行扩胞处理。

使用图形软件扩胞非常简单，但是今天小编将为您介绍一个直接在命令行中通过命令进行扩胞的方法，并且操作起来同样不难。

要完成今天的任务，首先需要安装Pymatflow
。可以通过下面的命令来安装:

~$ pip install pymatflow

这里我们以构建NaCl的2x2x2
超胞为例，演示如何使用structflow工具来进行扩胞工作。

首先，我们拿到的是一个NaCl的晶胞:

然后我们在此基础上进行2x2x2
的扩胞处理。只需一条命令即可完成工作:

~$ sflow supercell -i nacl.cif -o nacl-2x2x2.cif -n 2 2 2

其中参数-i
和-o
分别用于指定输入和输出结构，然后-n
接受三个变量分别用于指定三个晶格矢量方向的扩胞倍数。

得到结果如图所示:

该工具的好处是非常简单，然后可以避免在服务器和个人电脑上反复传输结构文件的麻烦。如果觉得有帮助，欢迎点击下方在看！！！

使用structflow更改晶体结构中原子的位置

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Pymatflow
是一个用于第一性原理模拟的工作流自动化管理软件，目前支持的计算程序有VASP、Qutum ESPRESSO、Abinit、SIESTA、CP2K。
项目文档地址:
http://pymatflow.readthedocs.org/
中文手册:
https://pymatflow.readthedocs.io/en/latest/manual_cn.html
此公众号为Pymatflow
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