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文献管理软件系列 | JabRef

奎林说 2021-08-10
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继续整理几个好用的

本来不打算继续写文献管理软件系列了,不过发现还有好几个真的不错的软件,也写写吧,就当完善这个系列的内容了。
文献管理软件使用上应该不会有大的问题了,从知道一个软件开始,无怪乎以下步骤:
1、下载:搜索引擎搜到的各下载站;软件主页,推荐软件主页。2、安装:客户端版;网页版;网页搜集保存信息的插件;自动安装word组件;手动安装word加载项。记得注册软件账户。3、使用:导入具体的pdf等文档;导入各种学术数据库到处的参考文献列表;直接在软件里搜索各种数据库,保存需要的文献到列表;需要的文献插入word或其他编辑软件的参考文献列表;按照专题或论文题目组织文献和知识点。4、交流和帮助:到各种软件的论坛、博客和其他社交渠道去问答;多看帮助手册。5、深度使用:在使用次数多了,精通了之后,去寻求知识管理的更高层应用。
每种文献管理软件都有其特色,选择最合适自己的去用,用透了,帮助就大了。当然首选免费的软件,除非有单位版或者大客户版。一般的软件有纯免费版、基础免费高级收费的版本,可以到相关软件主页去看各种区别。
关于软件是英文和外文的问题,我觉得能用到这个软件了,中外文其实都无所谓了吧。
JabRef 是一个开源的参考文献管理软件,使用Java语言编写,天生具有跨平台特性,通用于安装有Java支持的Windows, Linux 和Mac。它可以很方便地管理下载到本机的文献,生成 BibTeX文献数据库,供LaTeX或其它软件使用,可以与Kile, Emacs, Vim, WinEdt 等多种软件结合使用。JabRef 最大的特点就是使用BibTeX格式的数据库,所以它最适合LaTeX用户使用;如果仅仅使用它的管理功能,也可以用于本地电子书的管理。
看JabRef主页上说支持word,我测试不能直接使用,需要使用BibTex4Word第三方免费插件来使用这个功能。这样的话,其实JabRef不适合大多数人来用,大多数人用的就是参考文献管理,用其他Endnote、Mendeley等等的更合适,毕竟使用体验更好一些。
JabRef的基本功能:
收集:超过15种参考格式的导入选项;轻松检索和链接全文文章;根据 ISBN、DOI、PubMed-ID和arXiv-ID获取完整的书目信息;使用官方浏览器扩展,一键直接从网络浏览器导入新参考。立即获取:

编辑:通过与Google Scholar、Springer或MathSciNet等精选在线目录进行比较来完善和改进书目数据;根据自定义规则自动重命名和移动关联文件;自定义和添加新的元数据字段或参考类型。

组织:将您的研究分组到分层集合中;根据关键字、标签、搜索词或您的手动分配整理文章;高级搜索和过滤功能;跟踪您阅读的内容:排名、优先级、印刷品、质量保证。

引用:原生BibTeX和BibLaTeX支持,非常适合基于文本的排版系统,如LaTeX和Markdown;外部应用程序,如Emacs、Kile、LyX、Texmaker、TeXstudio、Vim和WinEdt的随写引用功能;以数千种内置引文样式之一格式化参考文献或创建样式;支持Word LibreOffice/OpenOffice 插入和格式化引文。

JabRef乐意接受各种捐助。

它的帮助途径也很多,https://www.jabref.org/主页上就可以看到。

JabRef在GitHub的主页是https://github.com/JabRef/jabref,直接百度即可。

JabRef主界面极速入门:

在第一次启动JabRef时,主用户界面显示的主要元素是:菜单栏、图标栏(最常用功能的快捷方式)、侧边栏(用用群组和网络搜索)

创建一个新的库:“库”是保存有关参考文献集合的所有信息的主要文件。文件的存储格式在BibTeX标准中是基于文本的。要创建新库,只需在“文件”菜单中选择“新建库”菜单项。

主屏幕现在显示一个空的“条目表”,我们现在将开始填充─些条目。手动添加新条目:要添加新条目,请选择菜单栏条目"库">"新条目”,单击图标栏中的图标,或直接按CTRL-N。这将打开一个对话框,您可以在其中选择要存储的参考类型。默认情况下,所有由BibTeX格式定义的条目类型都可用。

对于我们的运行示例,我们将选择"文章”。单击“文章"按钮后,对话框关闭,并为新创建的条目打开所谓的"条目编辑器”。

现在可以在"必填字段"选项卡中输入有关要添加的引用的最重要信息。"Author"、“Title"."Journal"和"Year"应该是不言自明的--但是,“引文关键字”,您可能并不熟悉。基本上,“引用键"的想法来自与BibTeX的合作,其中每个条目都有一个唯一的标识符是必要的。这允许在您可能使用库中存储的信息创建的文档中进行引用。此外,在JabRef中,此"键"还用于例如交叉引用其他相关条目或确定全文引用的文件名。密钥通常遵循全局模式,可以通过单击字段旁边的“生成"按钮轻松自动创建。输入一些信息后,您可以在条目编辑器的右侧看到书目数据的预览。

增强信息。创建基本信息后,添加所有其他书目详细信息通常很麻烦且容易出错。为了简化这项任务,JabRef允许通过在公共数据库中查找数据来自动完成书目信息。要使用此功能,只需单击编辑器中的"使用来自网络的书目信息更新"按钮。如果找到其他信息,您将在对话框中询问应接收哪些信息。

添加全文文档。通常,您还希望在参考文献的全文中附加参考文献。为此,您可以使用“常规"选项卡中的“文件"字段。在这里,您可以手动附加文件、搜索与citationkey模式匹配的现有本地文件,或尝试从网络自动下载匹配的全文。要测试全文的自动下载,您可以单击文件字段旁边的"获取全文"图标,或从菜单中选择"查找"→“在线搜索全文文档”。一旦找到全文,该文件将存储在本地文件目录中并链接到条目。要打开下载的全文,您可以单击文件名前的“文件"图标-或在条目表中使用相同的图标。

在网络上查找更多参考资料。如果要搜索其他参考文献,也可以直接在许多最常见的书目数据库中触发搜索。要开始搜索,只需使用JabRef 的"Web搜索"功能:首先选择现有数据源之一,输入搜索词并单击′搜索"。搜索结果将显示在一个窗口中,您可以在其中选择要添加到库中的所有搜索结果。

下一步。添加越来越多的条目后,您的库可能有点过于非结构化。为了让所有参考文献井井有条,JabRef提供了许多有用的功能,例如分组、一致性检查等。

在JabRef的帮助里,有很详细的文档,可以学习。在知乎里面也有很多爱好者组建的专题,感兴趣的可以去看看。

搜来的技巧1:

如何管理浩如烟海的论文引用。JabRef给了我们一个优秀的答案。JabRef 是一款基于Java的开源软件,可以非常方便的管理文献库。项目在 Github上有了上千次的Fork和上万次的Commit。

层级结构:JabRef提出了Library、Groups、SubGroups、Entries的层级结构。Library对应于一个.bib 文件,一般来说一篇.tex文件只会引用一个.bib 文件。我目前的实践中,按照学科来管理.bib 文件。所以我的文献库只有一个math.bib。因为不同库之间,记录除了复制粘贴外,没有办法交流或组织。

Groups和SubGroups类似于子文件夹,可以自由删改,而不会影响文献本身的记录。只要你愿意,可以不停的建文件夹。值得注意的是,Groups只是一种组织形式,删除掉Groups并不会删除掉文献的记录。同一篇文献也可以出现在不同的组中。Entries 就是文献的记录,一篇文献唯一对应于一个 Entries。

添加文献:读到一篇文献,粗略判断其值得入库,只需要超级简单的步骤。每一篇文献,在互联网上都有唯一识别的编号DOI。只需要知道一篇文章的doi,我们就可以让JabRef自动拉取文章所有的信息,自动添加到bib文件中,而且我们也可以在JabRef中对错误的信息进行修改。

找到文献的DOI,点击界面右上角New Entry按钮,输入DOI号,点击 Generate 即可生成一条记录。当然也可以手动添加。注意:为了防止之后的麻烦,记录的各个关键的属性必须保证没有差错。

关联文件:把文献下载到电脑后,可以把他们全部丢在一个名为Article的文件夹中。在JabRef生成该文献的记录后,只需要在记录上右键,选择Attach File, 即可将记录和这个文件关联起来。文献的命名也可以交给JabRef ,只需要选中记录,点击右上角的Cleanup Entries,即可自动重命名PDF。那么同一篇文献在你的电脑里,只需要保留一份,可以放心的加注释了!点一下记录前面的文件小图标, 就可以自动打开文件!

生成引用:我在使用TexStudio编辑Tex文件,JabRef可以无缝链接到TexStudio。我写到某个地方,需要引用一篇文献。只需要在JabRef中找到这篇文献,点击右上角的Push Entry to external application,即可在tex中自动生成 \cite{} 语句。

丰富的标记:可以给Entries本身设置不同的状态标记,已读未读,质量如何,是否已打印,评个分,设置优先级。这些标记都会用这种精心设计过的小图标显示在Entries中。当然,要想显示它们,可以在Options->Preferences->Entry Table如下位置选择想要的添加。你也可以给一篇文献加自己的Comments。中英文都可以。

更多功能:一键缩写/还原期刊名;查找你写的哪篇Tex引用了当前文献;基于Aux文件生成引用库(你的Tex用了的文献单独生成一个库);把引用了的文献一键复制到单独的文件夹;在线查找文献;在线查找全文。

搜来的技巧2:

JabRef使用策略:立一个总的.bib文件,命名为JabRefLibrary.bib。所有文献第一步都归档到该bib文件中;写一篇论文时,新建一个PPx.bib的文件,在JabRefLibrary.bib找到某文献条目,复制,然后粘贴到PPx.bib中;保存PPx.bib到LaTeX的文件夹中;在PPx.bib的界面中,选中该文献,点击右上角TeX按钮,将该文献推送到TeXstudio中光标所在位置。

JabRef关联文献的文件(.pdf)设置:“选项”-“首选项”-“文件”,将“文件主目录”设为放置文献的总目录;选择“使用正则表达式搜索”,并输入“**/.*[title].*\\.[extension]”(包括子文件夹,文件名中包含title);顺序:在谷歌学术上搜到该文章。点击输出BibTex源代码;将bibtex信息粘贴到JabRefLibrary.bib文件中,或者在界面中粘贴;在SCI-hub等渠道中搜索并下载该文章,放入总文件夹中。并命名为“title.pdf”。其中“title”为BibTex源代码中的title信息,绝大部分情况下,就是文章名;在JabRef中选中该文章,按F7,即可更新该条目并链接。注意事项:为保证期刊查阅文献或规范性,JabRef中需要严格按照谷歌学术中的BibTex源代码来命名;当文章题目(title)中含有“-”时,下载并命名文件时,文件名不能含有“-”,(JabRef不能识别文件名中的“-”),  此时不影响自动识别并可以链接;当文章题目(title)中含有“:”时,下载并命名文件时,文件命名不能包含“:”,(windows系统命名限制)。此时JabRef不能自动识别该文件名,所以需要手动添加文件到该条目;文件夹默认识别其中的子文件夹。可以含有中文字符(当界面设置为中文时,界面为英文时未验证);需要删除文件链接时,可在该文献条目的“基本设置”中删除。

在不同电脑中使用JabRef:将JabRef.bib文件(或者其他.bib)和包含有文献的文件夹,转移到另一台电脑中;“选项”-“首选项”-“文件”,将“文件主目录”设为放置文献的总目录;打开JabRef.bib,全选条目,按F7。

上面两张图是设置为中文界面和导入其他参考文献格式的样子。

文章转载自奎林说,如果涉嫌侵权,请发送邮件至:contact@modb.pro进行举报,并提供相关证据,一经查实,墨天轮将立刻删除相关内容。

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