摸爬滚打的第8天--R

生信工具人 2020-05-05

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上次提到了我们练手的数据来自世界上的数据库，纵使我们拿到了数据，处理好后，它对于你而言也只是一堆看不懂的数字而已，终究是不能派上实际的用处。所以今天我们介绍的是将统计与计算机很好的结合的一门语言—— R 语言

R 语言

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。

R 语言的特点

R语言一般特点

自由软件，免费、开放源代码，支持各个主要计算机系统；
完整的程序设计语言，基于函数和对象，可以自定义函数，调入C、C++、Fortran编译的代码；
具有完善的数据类型，如向量、矩阵、因子、数据集、一般对象等，支持缺失值，代码像伪代码一样简洁、可读;强调交互式数据分析，支持复杂算法描述，图形功能强;
实现了经典的、现代的统计方法，如参数和非参数假设检验、线性回归、广义线性回归、非线性回归、可加模型、树回归、混合模型、方差分析、判别、聚类、时间序列分析等。
统计科研工作者广泛使用R进行计算和发表算法。R有上万软件包(截止2019年7月有一万四千多个)。

R语言和R软件的技术特点

函数编程（functional programming）。R语言虽然不是严格的functional programming语言，但可以遵照其原则编程，得到可验证的可靠程序。
支持对象类和类方法。基于对象的程序设计。
是动态类型语言，解释执行，运行速度较慢。
数据框是基本的观测数据类型，类似于数据库的表。
开源软件（Open source software）。
可深入探查，开发者和用户交互。可以用作C和C++、FORTRAN语言编写的算法库的接口。
主要数值算法采用已广泛测试和采纳的算法实现，如排序、随机数生成、线性代数（LAPACK软件包）。

R 的安装

网址:https://www.r-project.org/

1.进入 R 的官网，看到蓝色字眼‘ download R ’，点击进入

2.出现一堆网址，向下滚动，找到‘ china ’，点击一个（清华源）

3.出现三种系统的下载方式，找到与自己电脑对应的，我这里选择了 for Macos

4.出现新的页面，点击 R-4.0.0 版本文件(开始下载)

5.下载后进行安装，出现 R 的快捷方式代表你成功了～

RStudio 的安装

网址:https://rstudio.com/products/rstudio/download/

RStudio 是一款R语言的IDE，R自带的环境操作起来可能不是方便，而Rstudio很好地解决了这个问题，而且它还具有调试、可视化等功能，支持纯R脚本Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。

1 点击下载（选择 FREE，有

当我没说，反正我没用过）2.安装

更改清华源&packages 的安装

1.清华源

rm(list = ls())
options()$repos
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror

把代码放进 RStudio 的脚本区。注意:对于更改清华源，你可以把代码全部选中后点击‘ run ’

2.packages 的安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)


options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))