摸爬滚打的第5天--Miniconda

生信工具人 2020-05-02

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在 windows 电脑中我们安装应用程序有两种主要的方式，一个是应用商店的安装，另一个是官网下载安装包再进行安装。同理，在 Linux 中安装应用程序是和 windows 基本是一样的。今天主要的介绍 Linux 中的应用商店—— conda，也是生信道路上的一大‘神器’。

什么是 conda

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。最流行的 Python 环境管理工具。

对于 conda 而言，它有着两种版本:anaconda 和 miniconda。如果用职位来代表它们的身份，anaconda 像是总经理，干的活不少，也是个有内涵的家伙，而miniconda 更像是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域。所以我们主要为服务器安装 miniconda 就可以了。

Miniconda 安装及使用

2.1

Miniconda 下载地址获取

Miniconda 网址:https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

在第二天的时候我们获得了一个试用服务器(64位系统)，所以这里我们选择 Linux 版本的 64 位 miniconda。然后右键-复制链接地址。

小提示:我们安装软件时，可以为它单独建立一个文件夹。比如建立一个文件夹名字为‘ bio ’，然后进入这个目录后再下载安装。

2.2

下载&安装

下载

登录服务器，目录切换到下载目录：biosoft（如果没有可以新建）

cd biosoft
wget + 复制的下载链接

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载中⬇️

安装

下载结束后，安装包会存储在biosoft
文件夹下，你可以通过ls
显示出来。.sh后缀的文件需要通过bash
指令来运行，所以安装指令为bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

接下来开始安装，按Enter键之后会有一系列版权证明，连续按Enter即可知道出现Do you accept the license terms? [yes/no]，然后手敲yes 。出现了路径的配置，如果你有想安装的路径就输入你自己的如果不想自定义那就默认吧，敲Enter继续。

然后再次输入 yes.当你看到下图时，说明你成功了～ Congratulation！

最后最重要的！！！激活 Miniconda～

指令：source ～/.bashrc

命令行输入conda
，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明挂了。

2.3

添加清华源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

分别输入上面的几个指令然后回车。

以上工作做完后，你就可以使用 Miniconda 了！

#Miniconda 的使用

（1）查看当前所有软件列表指令:conda list
（2）下载及安装软件（fastqc软件为例）首先要搜索软件指令：conda search fastqc
其次安装软件指令:conda install fastqc -y
「注意：-y是自动安装，默认安装最新版本但是如果要指定版本，代码如下：conda install fastqc=特定版本号 -y」（3）卸载软件指令：conda remove fastqc -y