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1. 示例
2.字段解释
示例
VCF == Variant Call Format##fileformat=VCFv4.1##source=VarScan2##INFO=<ID=ADP,Number=1,Type=Integer,Description="Average per-sample depth of bases with Phred score >= 15">##INFO=<ID=WT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples called reference (wild-type)">##INFO=<ID=HET,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples called heterozygous-variant">##INFO=<ID=HOM,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples called homozygous-variant">##INFO=<ID=NC,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples not called">##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">##FORMAT=<ID=SDP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw Read Depth as reported by SAMtools">##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Quality Read Depth of bases with Phred score >= 15">##FORMAT=<ID=RD,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of reference-supporting bases (reads1)">##FORMAT=<ID=AD,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of variant-supporting bases (reads2)">##FORMAT=<ID=FREQ,Number=1,Type=String,Description="Variant allele frequency">##FORMAT=<ID=PVAL,Number=1,Type=String,Description="P-value from Fisher's Exact Test">##FORMAT=<ID=RBQ,Number=1,Type=Integer,Description="Average quality of reference-supporting bases (qual1)">##FORMAT=<ID=ABQ,Number=1,Type=Integer,Description="Average quality of variant-supporting bases (qual2)">##FORMAT=<ID=RDF,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of reference-supporting bases on forward strand (reads1plus)">##FORMAT=<ID=RDR,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of reference-supporting bases on reverse strand (reads1minus)">##FORMAT=<ID=ADF,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of variant-supporting bases on forward strand (reads2plus)">##FORMAT=<ID=ADR,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of variant-supporting bases on reverse strand (reads2minus)">#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT Sample11 115258743 115258744 1 115258744 . C T . PASS ADP=633;WT=0;HET=1;HOM=0;NC=0 GT:GQ:SDP:DP:RD:AD:FREQ:PVAL:RBQ:ABQ:RDF:RDR:ADF:ADR 0/1:255:633:633:372:261:41.23%:4.0519E-94:51:45:110:262:127:134
字段解释
vcf有两部分内容，包括表头部分和正文部分，其中表头部分是对正文部分中出现的缩写的解释。
vcf的正文部分，必须要有前8列，一般有10列，详细如下：
CHROM ：参考序列名；
POS：突变的位置， 如果是indel 突变，则是INDEL的第一个碱基位置；
ID：变异位点名称（对应dbSNP数据库中的ID);
REF：参考序列的碱基；
ALT： 突变的碱基
QUAL：变异位点质量值，计算方法：Phred值 = -10 * log (1-p)。表 示在该位点存在variant的可能性；该值越高，则variant的可能性越大；
FILTER：过滤信息， PASS 该位点通过过滤，该位点有更大可能性为变异位点；
INFO：有关该位点的详细信息【形式为Tag=Value, 分号分隔】；
FORMAT：变异位点格式；
SMAPLE：样本名称，由bam文件中@RG的SM标签决定；
前面7列阐明变异位点位于参考基因组的哪条染色体，哪个位置，是否被数据库给标记了ID(通常说的是dbSNP)，该位置的参考基因组是什么碱基，这个变异位点变异成了什么碱基。找到这个变异的软件给它的质量值是多少，是否合格。
第8列 INFO 信息比较复杂，主要以 “TAG=Value”的形式,并使用”;”分隔。其中TAG含义在VCF文件的头部注释信息##INFO中已给出。
第9列 位点的基因型，测序深度的描述。
详细描述如下：
ADP=633; 该变异位点，Phred 评分>= 15 碱基平均深度( 支持该变异位点的深度)；
WT=0; 野生型变异数目；
HET=0; 杂合变异数目；
HOM=1; 纯合变异数目；
NC=0：未检测到数目；
GT: 基因型 ；
1/1 纯合子，等位基因数为2，等位基因的频率为1，总的等位基因为2。
0/1 杂合子，等位基因数为1(双倍体的sample在该位点只有1个等位基因发生了突变)，等位基因的频率为0.5(双倍体的 sample在该位点只有50%的等位基因发生了突变)，总的等位基因为2；
GQ: 基因型质量；
SDP: 由SAMtools给出的Raw reads 深度；
DP: Phred score >= 15 碱基 深度；
RD: 支持ref 碱基深度(reads1)；比如：1 115258744 C > T 总深度:633x,与ref 一致的碱基（C）RD：372 ;
AD: 支持alt 碱基深度(reads2)；比如：1 115258744 C > T 总深度:633x,与alt 一致的碱基(T)AD：372 ;
FREQ: 变异的等位基因频率VAF;
PVAL: P-value;
RBQ: 支持ref 碱基平均质量(qual1)；
ABQ: 支持alt 碱基平均质量(qual2)；
RDF: 支持ref 正链 碱基深度 (reads1plus)；
RDR: 支持ref 反链 碱基深度 (reads1plus)；
ADF: 支持alt 正链 碱基深度 (reads2plus)；
ADR：支持alt 正链 碱基深度 (reads2minus)；
参考
https://blog.csdn.net/oxygenjing/article/details/77747159
https://www.jianshu.com/p/957efb50108f
http://www.360doc.com/content/19/1225/20/68068867_882179876.shtml
