“前言”
很多优秀的生物信息学软件，如QIIME、QIIME 2、LEfSe等没有Windows版，而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低，而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题。
好在Windows 10自16年9月起支持内置Linux系统，经过几年发展后使用也比较稳定，目前有最新Linux发行版Ubuntu 20.04 LTS可用，可直接通过微软商店(Microsoft Store)安装。
安装后可通过程序中的Ubuntu 20.04 LTS直接打开终端使用，也可以Rstudio中的Terimal来调用，使用非常方便。
有关Linux子系统Ubuntu安装教程见微信公众号《生信宝典》
https://mp.weixin.qq.com/s/TKmjFVii0FhNjOuPfvrhwg；这里不再赘述。
***QIIME-2 常用Linux命令***
***文件&目录处理***
· ls - 显示指定目录下的内容
· cd - 切换工作目录
· pwd - 显示当前工作目录
· mkdir - 创建新目录
· cp - 复制文件或目录
· mv - 移动文件与目录，或修改名称
· rm - 移除文件或目录
***文件内容操作***
· cat - 一次性显示文件全部内容
· less - 将文件内容按页显示
· head - 一次性显示文件前几行
· tail - 一次性显示文件后几行
· sort - 将文本文件的内容，以行为单位来排序
· uniq - 检查及删除文件中重复的行
· wc - 计算文件的byte数、字数或是列数
· cut - 将文件的每一行安装分割符切割成多列
· vim - 文本编辑
***文件&目录管理***
· chown - 设置文件或目录属性
· chgrp - 设置文件或目录的属组
· chmod - 更改文件权限
· locate - 查找符合条件的文件或目录
· find - 查找符合条件的文件或目录
· gzip - 压缩文件，生成 .gz文件
· bzip2 - 压缩文件，生成 .bz2文件
· tar - 打包多个目录或文件，同时支持gzip/bzip2
****磁盘管理****
· df - 显示目前系统磁盘使用情况统计
· du - 显示目录或文件的大小
· ***任务管理****
· top - 实时查看进程的状态
· ps - 显示当前进程的状态
***作业控制***
· ctrl+z - 将一个正在前台执行的命令放到后台，并暂停
· fg - 把后台命令恢复到前台操作
· ctrl+c - 强制终止前台命令
· kill - 发送指定的信号到相应进程
· nohup - 在系统后台不挂断地运行命令
《扩增子16S/18S/ITS-QIIME2 详细实战手册》
《1.Linux子系统--安装篇》
（以下针对于Windows用户内置子系列）
Windows10/11安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机。
#Linux子系统--安装篇（以下针对于Windows用户内置子系列）#注意：默认复制，在Ubuntu终端上右击粘贴## 1.系统保证足够新（2016版本以后），然后更新系统，选中开发者选项即可；## 2.搜索“控制面板”-“程序”-“程序和功能”-“启动和关闭Windows”，勾选“适用用Linux的Windows子系统”（默认是没勾选的）；## 3.系统自动配置文件，点击”立即重启电脑“。## 4.在电脑自带的软件商城中搜索“Ubuntu 20.04 LTS”，安装即可；## 5.安装过程问题一：显示启动"Ubuntu 20.04 LTS”，会显示错误，此时注意电脑是专业版还是家庭版；
#安装qiime2 2021.2
（各个版本的安装教程大同小异）
##########################################################安装qiime2 2021.2(每个版本不一)############################################################## 准备工作（Miniconda3、Qiime2）##在本地子系统目录cd##进入管理者su sudo root##输入密码(自己设置)##实测安装时候，必须win10更新系统，且把自动更新这个服务开启，不然下载时候，会报错；##因为进入国外网站，不更新IP地址，打不开网站。##下载Miniconda3的包wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f##添加至默认环境~/miniconda3/bin/conda init##下载qiime2安装清单，需要时间长wget -c http://210.75.224.110/github/QIIME2ChineseManual/2021.2/qiime2-2021.2-py36-linux-conda.yml##安装qiime2平台conda env create -n qiime2-2021.2 --file qiime2-2021.2-py36-linux-conda.yml##进入工作环境(每次跑数据的时候，需要进入工作环境中)conda activate qiime2-2021.2##进入mnt/e(此时为系统盘，以mnt代替，c、d、e分别为系统路径)cdcd mnt/e/ll
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加油，陌生人！
文案撰写：玖柒年
排版编辑：玖柒年
封面审核：玖柒年
