“前言”
本专栏系统详细介绍QIIME-2扩增子16s/18s/ITs分析，包括linux 命令，qiime2安装及qiime2详细分析流程，从无到有，选择大于努力，方法永远比努力更重要，加油！
· ls - 显示指定目录下的内容
· cd - 切换工作目录
· pwd - 显示当前工作目录
· mkdir - 创建新目录
· cp - 复制文件或目录
· mv - 移动文件与目录，或修改名称
· rm - 移除文件或目录
· ***文件内容操作***
· cat - 一次性显示文件全部内容
· less - 将文件内容按页显示
· head - 一次性显示文件前几行
· tail - 一次性显示文件后几行
· sort - 将文本文件的内容，以行为单位来排序
· uniq - 检查及删除文件中重复的行
· wc - 计算文件的byte数、字数或是列数
· cut - 将文件的每一行安装分割符切割成多列
· vim - 文本编辑
· ***文件&目录管理***
· chown - 设置文件或目录属性
· chgrp - 设置文件或目录的属组
· chmod - 更改文件权限
· locate - 查找符合条件的文件或目录
· find - 查找符合条件的文件或目录
· gzip - 压缩文件，生成 .gz文件
· bzip2 - 压缩文件，生成 .bz2文件
· tar - 打包多个目录或文件，同时支持gzip/bzip2
· ****磁盘管理****
· df - 显示目前系统磁盘使用情况统计
· du - 显示目录或文件的大小
· ***任务管理****
· top - 实时查看进程的状态
· ps - 显示当前进程的状态
· ***作业控制***
· ctrl+z - 将一个正在前台执行的命令放到后台，并暂停
· fg - 把后台命令恢复到前台操作
· ctrl+c - 强制终止前台命令
· kill - 发送指定的信号到相应进程
· nohup - 在系统后台不挂断地运行命令
· ***QIIME-2 入门和安装***
· 前言
· QIIME-2 介绍
· QIIME-2 安装(win子系统linux、虚拟机)
· QIIME-2 参数指南
· ***QIIME-2 实战进阶***
· 环境配置、数据准备和导入(有案例数据)
· 质量控制 DADA2和 Vsearch Deblur
· 外部导入特征表和代表序列(备选)
· 物种分类与组成(注释、训练Silva和Unite等数据库)
· 对数据进行过滤(过滤污染、稀有ASV、叶绿体和线粒体等)-视自己研究情况而定
· 构建系统进化树(16S，ITS一般不构建进化树）
· qiime2分析多样性(物种组成，差异分析，Alpha和Bata多样性分析等)
· 导出unifrac、jaccard、Bray-Curtis等距离矩阵及Alpha多样性指数
· 多样性稀释曲线、Alpha和Beta多样性差异比较
· 数据提取(便于后续下游个性分析)
· ***QIIME ***下游分析
· Alpha-多样性
· Alpha 多样性指数
· 物种累积曲线
· 多样性曲线
· Alpha多样性指数组间差异分析
· OTU系列分析及物种注释分析
· OTU Venn图
· 物种分布(见QIIME-2流程文件)
· 物种进化树(QIIME-2流程文件)
· Beta多样性
· PCA分析
· PCoA分析
· NMDS分析
· 物种差异分析
· LEFSe分析
· ANOVA分析
· 群落结构差异分析
· Anosim分析
· Adonis分析
· MRPP分析
· 环境因子关联分析
· RDA分析
· CCA分析
· Neatwork分析
· 共发生网络
· 其他分析
· 功能预测(PICRUSt2、Tax4Fun2、FAPROTAX等等)
·
.........未完，待续
文章末事
KARST SOIL MICROORGANISM
KSM
微信号｜KSM生信笔记
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