MySQL数据库的文件包括：

1. 参数文件：my.cnf。

2. 日志文件：包括错误日志、查询日志、慢查询日志、二进制日志。

3. MySQL表文件：用来存放MySQL表结构的文件，一般以.frm为后缀。

4. Socket文件：当用Unix域套接字方式进行连接时需要的文件。

5. pid文件：MySQL实例的进程ID文件。

6. 存储引擎文件：每个存储引擎都有自己的文件夹来保存各种数据，这些存储引擎真正存储了数据和索引等数据。