使用 Navicat 逆向工程生成模型并在模型中创建外键关联关系不会直接影响数据库中的表结构。逆向工程是一个从数据库生成模型代码的过程，它会根据数据库表的结构生成相应的模型类或代码。

Navicat 逆向工程通常会创建模型类（或代码），其中包含了表之间的关联关系，例如外键关系。这些关联关系是通过在模型类中定义属性和方法来表示的，但实际的数据库表结构并不会因此发生变化。

逆向工程生成的模型类是用于在应用程序中操作数据库的抽象层。这些模型类可以方便地进行数据的查询、插入、更新和删除等操作，并提供了便捷的方法来处理表之间的关联关系，如通过外键进行关联查询等。

当你通过修改模型类中的关联关系来定义外键关系时，这些修改只会影响到你的应用程序代码，而不会直接修改数据库中的表结构。如果你希望将这些关联关系应用到数据库中，你需要手动执行相应的数据库迁移或修改数据库表结构的脚本。

总结来说，Navicat 逆向工程生成的模型类是一种抽象的表示，用于操作数据库，而不会直接修改数据库表结构。如果你想要将模型中的关联关系应用到数据库中，你需要自己执行相应的数据库迁移或修改表结构的操作。