历史背景：MySQL最初由Oracle公司开发，后来被Sun Microsystems收购，之后又被Oracle公司收购。SQL Server则是由Microsoft公司开发3。

应用场景：MySQL主要适用于互联网领域，特别是高并发的存取需求，而且价格相对较低，安装和使用也相对简单1。相比之下，SQL Server更适合需要高度集成化的企业级应用，尤其是那些需要在Windows生态系统中运行的应用1。

架构设计：MySQL最大的一个特性就是可以自由选择存储引擎，每个表都可以选择合适的存储引擎。常见的引擎有MyISAM等。然而，SQL Server只支持一种存储引擎1。

性能表现：在某些情况下，MySQL比SQL Server更快。例如，在高并发环境中，MySQL的性能可能会更好3。

安全性：SQL Server提供了更多的安全功能，如透明数据加密(TDE)和数据遮蔽(Data Masking)等3。

可用性：SQL Server提供了更高级的可用性功能，如AlwaysOn Availability Groups和Failover Clustering等3。

总的来说，MySQL和SQL Server都是优秀的关系型数据库管理系统，各自有着自己的优势和适用场景。在实际应用中，需要根据具体的业务需求和环境来选择合适的数据库系统。