从楼主描述看，select比较像是被元数据锁阻塞了，show variables like ‘%lock_wait_timeout%’;

可以查看元数据锁和innodb锁等待的超时时间（lock_wait_timeout是元数据锁等待超时时间）

楼主可以先在日志记录一下sql执行时间，如果是lock_wait_timeout的时间的话说明是被元数据锁阻塞了，不是innodb的原因

可以排查下是其他session否执行过lock table，alter table，analyze table类会锁表的语句